Második világháború
A repülőteret 1943-ban nyitották meg és a Második világháború idején – akkor RAF Stansted Mountfitchet volt a neve – a Brit Királyi Légierő, valamint az Amerikai Hadsereg Légierejének repülőbázisa volt. Főként a bombázók fel- és leszállásához, valamint azok karbantartására használták. Habár a hivatalos megnevezése Stansted Mountfitchet volt, mindenki a Stansted nevet használta szóban és írásban egyaránt.
 
Elsőként a USAAF Nyolcadik repülőszázada számára jelölték ki a repülőteret 1941-ben, hogy a nehézbombázónak ez legyen a bázisa. Stansteden repülőgép-pilótáka képeztek ki, továbbá lőszer utánpótlási lerakatot és szerelő műhelyt hoztak létre ahol például a B-26 típusú vadászbombázók átalakítását végezték. A Partraszállás napját követően ezeket a tevékenységeket áthelyezték Franciaországba, azonban a lőszer- és alkatrész utánpótlási lerakat továbbra is innen látta el a kontinensen szolgáló repülőgépeket.
 
Háború utáni használata
Miután 1945.08.12-én az amerikai csapatokat kivonták a háborúból, Stanstedet átvette a Légügyi Minisztérium és 263 számú Karbantartó Egység néven a Királyi Légierő tárolóbázisaként működött tovább. Ráadásul 1946 és 1947 augusztusa között német háborús hadifoglyok elkülönítő tábora működött itt. Végül a Polgári Repülés Minisztériuma 1949-ben megkapta a Stansted felügyeleti jogát, az amerikai hadsereg pedig 1954-ben visszatért, hogy meghosszabbítsák a kifutópályát egy esetleges NATO támaszpont kialakítása miatt. Végül a támaszpontot soha nem hozták létre, a repülőtér pedig visszakerült a polgári repüléshez 1957-ben, majd 9 évvel később a BAA irányítása alá.
 
A ’60-as, ’70-es és ’80-as években a tűzoltóság kiképző-iskolája a repülőtér keleti végében kapott otthont. Az iskolában képezték ki a reptéri tűzoltókat mind az Egyesül Királysába, mind pedig a kontinens más országaiba.
 
Kereskedelmi üzemeltetés
1966-ban, miután a repülőtér a BAA irányítása alá került, Stanstedet elsősorban charter járatok üzemeltetésére használták, ezzel próbálva kiküszöbölni a Heathrow és Gatwick esetén jelentkező magas illetékeket. Később aztán a BAA és a kormány a repülőtér fejlesztése mellett döntött, hogy csökkenthessék az előbbi két repülőtér leterheltségét, ezzel pedig a főváros harmadik repülőtere legyen. Az első terminálépület 1969-ben nyílt meg az utazóközönség előtt, majd egy évvel később kibővítették a megnövekedett utasforgalom miatt.
 
1984-ben a kormány elfogadta a repülőtér további –két ütemben történő - fejlesztésének tervét, amely tartalmazta mind a terminál, mind pedig a reptér bővítését, hogy alkalmas legyen évi 15 millió utas kiszolgálására. A jelenlegi terminál épületének építési munkálatai 1988-ban kezdődtek és 1991-ben fejeződtek be. A terveket a nemzetközileg is elismert Lord Foster készítette. Abban az időben a Stansted volt a legmodernebb repülőtér-komplexum a világon, és 100 millió angol fontba került. Az első távolsági járat 1990 elején indult az American Airlines üzemeltetésében London és Chicago között, ugyanakkor mivel veszteséges volt, 1993-ban megszüntették. A Continental Airlines szintén indított járatokat a ’90-es évek végén Newark repülőterére, ezeket aztán a 2001/09/11-es események után leállították. A távolsági járatok csak 4 évvel később, 2005-ben tértek vissza a repülőtérre az Eos Airlines és a MAXjet Airways üzemeltetésében. Mindkét légitársaság csak üzleti utazóknak kínált jegyeket Stansted és New York JFK között. Egy évvel később a MAXjet kiterjesztette a járatait Washington D.C., Las Vegas és Los Angeles felé. Az American Airlines pedig napi rendszerességgel közlekedő járatokat indított 2007 októberétől a New York JFK-re, valamint 2008-tól tervezték egy második napi rendszerességgel közlekedő járat bevezetését is. Utóbb mindhárom légitársaság beszüntette a járatait, miután a MAXjet csődbe ment 2007 decemberében, majd mindössze négy hónappal később az Eos Airlines-szal is ugyanez történt. Végezetül 2008 júliusában az American Airlines megszüntette az utolsó transzatlanti járatot is. Stanstedről indultak menetrend szerinti járatok a kanadai Torontoba, Montrealba és Vancouverbe is, de ezeket is megszüntették. Az Ázsiába közlekedő távolsági gépeket 2009 márciusban vezették be a maláj Air Asia X fapados járatával, amely közvetlenül elérhetővé tette Kuala Lumpurt. 1984-óta a repülőtér kapacitása évi 25 millió utas-ra van korlátozva, ezt pedig a környező települések lakosságával készített közvélemény-kutatás alapozta meg, és az akkori kormány hivatalosított.
 
Egy nagyszabású bővítési program 2007 és 2009 között zajlott le, melynek során közel 5900 négyzetméter területtel bővült a terminál központi épülete, ezáltal új csomagátvételi futószalagokat telepítettek az érkezési csarnokban, a bevándorlási hivatallal új útlevél ellenőrző részleget kapott, valamint egy új „hypostyle-jellegű” érkezési csarnok épült modernizált helyiségekkel. 2006 novemberben az Uttlesford körzet önkormányzata elutasította a BAA kérvényét, amely több repülőgép közlekedésére, illetve a korlátozott utasforgalom eltörlésére vonatkozott. A BAA azonnal fellebbezett a döntés ellen, és a másodfokú döntést egy közvélemény-kutatás végeredményéhez kötötték, melyet 2007 május és októbere között tartottak. Alan Boyland tervezési biztos javaslatot tett 2008-ban, melyet a közlekedési miniszter (Geoff Hoon) és az önkormányzati és kisközösségi ügyekért felelős miniszter (Hazel Blears) is pártfogolt. Ők mindannyian egyetértettek a BAA fellebbezésével. 2009 folyamán egy sor jogi támadást utasított el a Legfelsőbb Bíróság, melyeket a - második kifutópálya tervei kapcsán - már említett SSE érdekvédelmi csoport kezdeményezett.
 
2008-ban 57 aktivistát tartóztattak le a Plane Stupid csoportból (a repülőterek bővítése ellen tiltakoznak az Egyesült Királyságban), mert átmásztak a repülőteret övező kerítésen és élő kordont alkotva felsorakoztak a kifutópálya mentén, így 52 járat törlésére kényszerült a forgalmi irányítás.